伦茨离开英国，回到巴黎。为了寻找在不明情况下失踪的玛德琳，他遇到了失去幼子的护士海伦，她正努力从悲剧中恢复。在痛苦的激情、嫉妒和自我毁灭的背景下，一场狂热的爱情开始了。

23岁的女孩玛丽娜，在父亲的抚养下长大在海边一处工厂附近。在她眼中，人类既古怪又讨厌，玛丽娜总是保持着距离，她所有的教育都来自Suicide乐队的歌曲、英国bbc主播大卫·艾登堡的自然纪录片以及自己唯一的朋友贝拉。一天，镇上来了一名陌生人要和她玩一盘桌上足球。玛利亚的父亲与此同时，正在仪式性地准备着他同“被高估”的二十世纪的告别。

卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德饰）在死刑即将执行之前清醒过来，发现他被索菲娅（玛丽昂·歌迪亚饰）选中，来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆，被绑在机器上之后，卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔，他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯饰）施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落，威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨（迈克尔·威廉姆斯饰）暗示了卡勒姆·林奇，提醒他艾伦有可能动机不纯之后，卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机，而人类自由意志的命运也变得悬而未决……