在前往新世界的路上，草帽海贼团的各位悠哉游哉，举行了盛大豪华的时装秀。而就在此时，他们遭到比利奇准将所率领的海军的袭击，借着约瑟芬大炮的威力，草帽海贼团的船飞到了一座未知的小岛——手之岛。该岛形状像一只摊开的手掌，并且上面云集了来自全世界的能工巧匠。他们所制作出的手工艺品得到路飞、乌索普、布鲁克等人大为欣赏，但是手工艺品却十分短缺。因为这里的壮丁都被比利奇准将拉去修建海军基地，饱受压迫。路飞意外邂逅了雕蜡工匠杰高，既勾起了他童年的记忆，也知晓了手之岛的往事。比利奇准将不断膨胀的野心，必将为这座小岛带来一场前所未有的暴风雨……

在一片宁静的小山村，少女渡濑明日菜（金元寿子配音）时常站在山顶，用父亲留给她的神秘矿石作二极管，收听着来自外面世界的美妙音乐。在一次放学途中，明日菜遭到一头怪兽的袭击，关键时刻她被俊美少年瞬（入野自由配音）救下，纯洁的友谊在少男少女之间开始萌芽。明日菜体味着友谊的甜蜜，却不知瞬在某天悄然离开人世。新来的男老师森崎龙司（井上和彦配音）为孩子们讲述了死国的传说，明日菜这才意识到瞬正是来自另一个世界雅戈泰的人。森崎真实身份隶属某个神秘组织，他和明日菜的心中都有想要复活的人，于是经过一波三折，他们随着瞬的弟弟心一同来到了传说中的雅戈泰。在这个绝美而凄惶的国度，他们展开了似乎永无止境的旅程……