“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A’s）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况，八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性，设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。另一边，时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际，由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶，昴在当晚的满天星空之下，做出了“成为管理局的魔导师”的决定。四年后，经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴，与训练校时代的伙伴蒂雅娜·兰斯特共同挑战魔导师的升格试验。于远处凝视著两人考试的，分别是认定两人将成为“机动六课”的明日之星而投以注意的疾风与菲特、还有奈叶。在三人的注视之中，随着宣告试验开始的ReinForceII（统御之力zwei）的声音，拉开了“StrikerS”故事的序幕。

舞春佑美（上田丽奈配音）是刚刚升上了高中的可爱女生，虽然十分渴望着能够骑着自行车上下学，但实际上，佑美并不会骑自行车。秋月巴（广濑友纪配音）是佑美青梅竹马的玩伴，为了帮助好友实现梦想，巴决定教会佑美骑自行车。在此过程中，佑美渐渐对单车运动产生了兴趣。森四季（渡部纱弓配音）是佑美班上的教员，十分热爱自行车这项运动，在四季的引导之下，佑美进入了这个丰富而又多彩的新世界。体育细胞十分发达的比嘉夏海（藤原夏海配音）、性格十分天真热爱摄影的千金大小姐神仓冬音（高森奈津美配音），和志同道合的朋友们一起，佑美骑上了单车。

時は仮想19世紀末。悲劇を嘆く弱い心によって呼び出された魂を、魔導式ボディに閉じ込めることで作られるAKUMAは、殺戮を繰り返すだけの殺人兵器となり、さらなる恐怖と悲劇を生み続けることで進化していく。AKUMAを製造するのは、世界の終焉を目論む千年伯爵率いる「ノアの一族」。そのAKUMAを破壊できる唯一の存在が「黒の教団」率いるエクソシストたち。はるか昔から続く両者の戦いは、何者かに筋書きされた「裏」の真実があった…。

故事发生在位于日本电器街的一间名为“BOOKS马之骨”的书店里，海雄（逢坂良太配音）和小日（高森奈津美配音）是其中的店员，海雄负责为顾客量身挑选适合他们的漫画和游戏，而小日却对这一切知之甚微。表面看来，海雄十分平凡，但实际上，在他的内心里，汹汹燃烧着对二次元世界的专注于热情。每天，有无数人在书店里进进出出，甚至连在书店里工作的店员们也都是令人侧目的“奇葩”和“怪胎”。有着双重性格的同人漫画家老师（津田美波配音）、外表孱弱性格暴力的腐妞（竹达彩奈配音）、轻小说作家津守（佐藤聪美配音）等等，这些奇怪又可爱的宅人们在电器街头交织出一片色彩灿烂绚丽的画卷。